Kerjasama setiap prodi yang ada di UNIPAS berjalan dengan baik, UNIPAS Morotai dan Fakultas serta Prodi selalu membuka pintu bagi pihak-pihak yang ingin bekerjasama, baik kerjasama dalam bidang Tridharma tingkat local, nasional, maupun internasional atau kerjasama dengan industri/lembaga pemerintah/lembaga swasta. Kegiatan kerjasama yang dijalani ini dalam rangka mewujudkan program imlementasi Merdeka Belajar Kampus Merdeka (MBKM) yang dicanangkan oleh pemerintah. Jumlah mahasiswa UNIPAS Morotai bertambah setiap tahun dan saat ini mahasiswa UNIPAS Morotai berjumlah 1.763 mahasiswa aktif yang berasal dari Morotai dan dari luar Morotai. Bentuk beasiswa di UNIPAS Morotai yaitu beasiswa Pemerintah Daerah Kabupaten Pulau Morotai, beasiswa Bidik Misi, beasiswa KIP Kulia. Pendaftaran mahasiswa baru dilakukan secara online dan mandiri serta wajib mengikutin seleksi akademik dan wawancara. UNIPAS Morotai memiliki layanan untuk mahasiswa yaitu bimbingan dan konseling, perpustakaan, tempat kursus, beasiswa, dan lahan parkir.
Kurikulum UNIPAS Morotai disusun dengan capaian pembelajaran dengan profil lulusan dan jenjang KKNI berdasarkan Permenristek Dikti Nomor 44 Tahun 2015 dan KKNI 2012. Untuk Sarjana Strata 1 digolongkan pada level 6. Struktur kurikulum UNIPAS Morotai disusun untuk pembentukan capaian pembelajaran, yang terdiri atas: (a) capaian pembelajaran utama, (b) capaian pembelajaran pendukung, dan (c) capaian pembelajaran lain, berdasarkan KKNI melalui program yaitu melalui proses lokakarya dan semiloka yang dihadiri oleh stakeholder, pimpinan, dosen untuk memperoleh umpan balik sebagai dasar revisi draf kurikulum. Kemudian ditetapkan melalui Surat Keputusan Rektor Universitas Pasifik Morotai Nomor: 136/SK/R.UNIPAS/2018 tentang Kurikulum dengan jumlah beban belajar/bobot kredit 144 sks yang tersebar dalam 8 semester. Suasana akademik didapatkan dari kegiatan di luar kegiatan pembelajaran seperti seminar, kulliah umum, kuliah perdana, praktek lapangan dan praktek di laboratorium.
UNIPAS Morotai mempunyai standar penelitian yang ditetapkan melalui keputusan Rektor UNIPAS Morotai Nomor: 089/SK/R.UNIPAS/2020 Tentang Standar Penelitian UNIPAS Morotai. Kegiatan penelitian dosen dan mahasiswa dikelola oleh LPPM UNIPAS. Dalam mekanismenya dosen tetap UNIPAS mengajukan proposal penelitian ke LPPM, kemudian diseleksi, dimotitoring dan dievaluasi oleh LPPM UNIPAS Morotai. Jumlah penelitian yang sesuai denga keilmuan pada UNIPAS Morotai sebanyak 35 pada tahun 2018, tahun 2019 sebanyak 61 penelitian dan tahun 2020 sebanyak 93 penelitian, kegiatan penelitian tersebut dibiayai Universitas dan dibiayaioleh pihak eksternal melalui hibah Dikti. Penelitian tersebut sudah terpublikasi ke jurnal internasional bereputasi, jurnal penelitian nasional terakreditasi dan juga ke jurnal penelitian tidak terakreditasi. UNIPAS Morotai memiliki standar PkM yang ditetapkan melalui Surat Keputusan Rektor Universitas Pasifik (UNIPAS) Morotai Nomor. 098/SK/R.UNIPAS/2018 Tentang Standar Pengabdian Kepada Masyarakat Universitas Pasifik (UNIPAS) Morotai. Dalam pelaksanaan PkM secara mandiri dan dapat pula dengan melibatkan mahasiswa.